Secara umum, pelaksanaan SPMI Universitas Islam Nusantara dikelola oleh Dirktorat Penjaminan Mutu (DPM) dan berkoordinasi dengan setiap pimpinan pada setiap aras unit kerja. Dekan Fakultas, Unit Penjamin Mutu (UPM), Ketua Prodi, Kepala Biro yang bertanggungjawab atas terbentuknya organisasi mutu dan terlaksananya penjaminan mutu di unit masing-masing. Pengelolaan SPMI Universitas Islam Nusantara digambarkan secara skematis pada struktur organisasi pelaksanaan implementasi SPMI Universitas Islam Nusantara. Ketentuan ini tertuang dalam Kebijakan Mutu Universitas Islam Nusantara yang ditetapkan oleh Rektor setelah memperoleh pertimbangan Senat Universitas.
Tujuan penjaminan mutu pendidikan tinggi adalah memelihara dan meningkatkan mutu pendidikan tinggi secara berkelanjutan (continuous improvement), yang dijalankan oleh suatu perguruan tinggi secara internal untuk mewujudkan visi dan misinya, serta memenuhi kebutuhan pemangku kepentingan (internal dan eksternal) melalui penyelenggaraan tridarma perguruan tinggi.